“长江口渔业生态重点实验室”是以长江口地区唯一的国家级渔业科研单位中国水产科学研究院东海水产研究所为依托，以东海水产研究所“河口渔业实验室”和“渔业生态环境实验室”多年的研究工作为基础，所监测的水域处于我国沿海地带中段的黄金海岸带和素有“黄金水道”之称的长江的入海口，江、海T字型的交汇处，具有典型的区域代表性与技术优势。研究方向与工作内容：

（1）河口海岸生态系统特征及生地化循环过程

（2）河口海岸典型栖息地修复与生物多样性保护

（3）长江口水生生物种质资源发掘与利用

（4）长江口及近岸污染物监测与评价

发展目标：

以河口渔业与养殖生态环境发展为基础，以长江口渔业保护生物学与种质资源利用为主要内容，以开展农业应用基础研究和应用研究为主，组织开展区域共性和关键技术研究，解决相应的“瓶颈”技术和关键科学问题，把实验室打造成国家级海洋与河口渔业研究中心，集“产、学、研”为一体的海洋渔业科技创新与人才培养平台，为东海区与河口渔业发展与科学管理提供关键技术支撑，为国家海洋与河口渔业可持续发展培养一批高水平专业人才。